本學程為跨領域學習與疾病問題導向研究的分子醫學碩士學位學程，分子醫學領域，強調以最新的分子生物學知識及技術，應用於人類疾病模式生物之建立及探討，並據以開發可能之疾病診斷與治療策略，與臨床醫學研究相輔相成。不受傳統生科領域的限制，以多元及跨領域的學習模式，培養以解決生物醫學問題為導向的研究能力，著重在建立職場轉化能力的生物醫學研究人才，並具備基本之科學邏輯與不同專業領域的專家溝通合作，激盪出創新的技術及應用。
本學程將對完成及符合所有學業要件及資格之畢業生授予理學碩士學位。
A組 [本國籍學生]
本學程為國立陽明交通大學生命科學院與中央研究院基因體研究中心共同辦理之生物醫學人才培育合作。
中央研究院為達成培養跨領域研究人才，厚植研究創發潛力，提升台灣學術之世界競爭力，積極推動與國內各大學合作辦理研究生學程。本學程結合中研院基因體中心與陽明交通大學生命科學院雙方老師的優勢，以跨單位優秀師資，培育具跨領域知能的生醫人才，並達到促進雙方學術交流及合作之效益。
進入學程之學生，可以選擇國立陽明交通大學生命科學院專兼任教師及中央研究院基因體研究中心之學程參與人員進行碩士論文研究。
本學程之在學學生，於就讀第一學年至第二學年期間，每人每月新台幣1萬6千元之獎助金。
(獎助金金額本學程得保有變更、調整或取消之權利)
B組 [國際生]
碩士班學生有機會進入生技產業工作，或藉由不同入學管道繼續在生科院就讀博士班。